Die Klima-Initiative Starnberg organisiert sich in mehreren Arbeitsgruppen (AGs), die unterschiedliche Themenbereiche abdecken, darunter Energie, Mobilität und Biodiversität. Jede AG entwickelt Projekte, die auf die Bedürfnisse in Starnberg abgestimmt sind.
Das Koordinationsteam unterstützt die Zusammenarbeit zwischen den AGs.